条件分岐の設定がされているフォームで、入力後に非表示となったフィールドの値がkintoneに登録されます

仕様通りの動作です。

条件分岐は、現在選択されている選択肢に合わせて、

予め設定した条件に合致するフィールドを表示するまでの機能であり、

現在選択されているものに合わせて、他のフィールドの入力内容を制御することはできません。

対応策として、選択された値によって保存するフィールドを分ける方法があります。

①回答保存プロセスにて、「kintoneアプリへの保存」の処理を複数追加する（プレミアムコース以上で可能）

②それぞれの「kintoneアプリへの保存」内で実行条件として「フィールドの値によって」を選択する

③Aが選択された場合はフィールド1の値を保存し、Bが選択された場合はフィールド1の値を保存しないといった設定を行なう

例）「その他」を選んだ方だけに表示するフィールドの値を、「その他」が選ばれているときだけ保存する